Eesti jalgpallimeistrivõistlustel hakkas FC Kuressaare meeskond osalema 1997. aastal, mil Saaremaa paremaid jalgpallureid ühendav klubi osales III liiga turniiril. Meeskond kogus hooaja lõpuks kokku viis võitu ja ühe viigi ning 16 punkti ja väravate vahega 18:3 võideti kolmas liiga.
Alates 1998. aastast on vahelduvalt mängitud Esi- ja Meistriliigas ning alates 2009 püsiti Meistriliigas 5 aastat järjest. 2016. aastal mängiti Esiliiga B tasandil, mis lõpetati kindla liigavõiduga ning 2017. aastaks naaseti Esiliigasse. 2018 aastast alates mängib esindusmeeskond Premium liigas.

Mõned faktid meeskonna ajaloost:
Esimene Meistriliiga mäng: 1.aprill 2000, vs FC Levadia Maardu 1:5 (Risto Sarapik)
Suurim arv liigamänge: Sander Laht (406), Elari Valmas 314, Martti Pukk (303), Sander Viira (301), Urmas Rajaver (285)
Parimad väravakütid:  Sander Laht (109), Maarek Suursaar (101) ja Martti Pukk (72)